Ulgę IP Box można rozliczyć dopiero w zeznaniu rocznym. Oznacza to, że nie ma potrzeby prowadzić ewidencji na jej potrzeby przez cały rok. Prawo nie wymaga, by była ona robiona na bieżąco. Potwierdza to najnowszy wyrok WSA we Wrocławiu. Daje on prawo do skorygowania rozliczeń za poprzedni rok i wystąpienia o zwrot nadpłaty podatku.
Ulga IP Box cały czas stanowi nowość w polskim systemie prawnym. W związku z tym ciągle brak jest wykształconej praktyki stosowania tych przepisów. Problematyczne jest m.in. dokumentowanie prawa do ulgi i prowadzenie ewidencji podatkowej niezbędnej do jej rozliczenia. Sprawy dotyczące IP Box trafiają już do sądów administracyjnych. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w niedawnym wyroku (sygn. akt I SA/Wr 170/20) orzekł, że niezasadne jest zastrzeganie, że ewidencja na potrzeby ulgi IP Box musi być prowadzona na bieżąco. Jest to już kolejne orzeczenie przychylne dla podatników. Wcześniej organy podatkowe wskazywały, że ewidencja dla celów IP Box musi być prowadzona na bieżąco.
